会议得到了国家教育部、中共中央统战部、广东省委统战部、广东省委教育厅的高度重视和大力支持。中共中央统战部副部长陈喜庆发来了贺信，国家教育部思想政治教育司司长杨振斌，中共中央统战部六局局长沈冲，广东省委统战部副部长赵健，广东省委教育厅副厅长李小鲁，教育部思想政治工作司陈厚丰同志以及暨南大学校长胡军、党委书记蒋述卓等领导出席了大会。
本届研讨会的主题是高举中国特色社会主义伟大旗帜，以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，深入学习党的十七大精神、第20次全国统战工作会议和全国高校统战工作会议精神。解放思想，锐意进取，研究探讨新世纪新阶段高校统战工作面临的新情况、新问题，推动我国高校统战工作再上一个新台阶。
大会开幕式由暨南大学党委副书记叶勤同志主持，暨南大学党委书记
本次大会收到论文近130篇，经过专家组评审，选出101篇论文，以《新发展、新探索、大作为―第十三届全国高校统战工作研讨会论文集》汇编成书出版发行，大会还评选出优秀论文13篇，北京教育工委、武汉大学党委统战部、暨南大学党委统战部等3个单位获得“优秀组织奖”，大会组委会对获奖单位和个人进行了表彰和奖励，颁发了获奖证书和奖金。北京教育工委、福建教育工委、北京大学、武汉大学、暨南大学、西南交通大学、云南大学、上海师范大学等8个单位在大会上作了交流发言。与会代表还进行了分组讨论，就高校统战工作研究、高校党外知识分子工作研究、高校民主党派工作研究、港澳台侨统战工作研究、民族宗教问题研究、统战理论综合研究等方面内容展开了深入的探讨和交流，讨论气氛热烈，理论研究深入，探讨的内容覆盖面宽，与会同志一致认为：全国高校统战工作研讨会为全国高校统战工作提供了一个学习、交流、借鉴兄弟高校统战工作先进经验的平台，对全国高校统战工作在新世纪新阶段进一步解放思想，开拓创新是一个很大的推动。通过充分的研讨，与会代表进一步提高了对高校统战工作的时代性、艰巨性、长期性的认识，深刻认识到高校统一战线在全国统战工作中的地位和作用，进一步增强了做好高校统战工作的紧迫感、责任感和自豪感。
会议还就如何贯彻落实党的十七大精神，深入学习实践科学发展观进行了深入的探讨，与会代表认为：高校是我国统一战线重要的工作基地、人才基地、信息基地、统战理论研究基地和海外统战工作的重要桥梁，在团结凝聚各方力量建设和谐社会方面做出了重要贡献。各级教育行政部门和高校党委对统战工作高度重视，高校统战部门围绕中心、服务大局，认真履行“反映情况、掌握政策、协调关系、举荐人才”的职责，广大高校统战工作者及有关专家，积极开展高校统战工作理论研究，在实践中不断深化对统战工作的认识，在研究中不断加深对统战工作的理解，在工作中不断总结统战工作的规律，通过理论创新有力地推动了高校统战工作的创新。与会代表一致认为：每年召开一次全国高校统战工作研讨会有利于各个高校统战工作理论研究、统战工作交流的深入开展，有利于开创全国高校统战工作的新局面。会议再次建议，由国家教育部牵头，筹备成立全国高校统战工作理论与实践研讨会，以使研讨会朝着更健康、更有序、更有作为的方向发展，与会代表对暨南大学主动承办本届研讨会，并努力做好各项会务工作给予了充分地肯定和高度评价。
经过大会协商，第十四届全国高校统战工作理论研讨会将于2009年10月份在北京举行，届时将由北京市教育工委牵头，北京大学、清华大学等高校联合承办。第十五届全国高校统战工作研讨会将可能由上海市教育工委携上海市各高校联合承办。
会议期间，代表们参观了广州大学城，观看了在暨南大学礼堂举行的专场文艺演出。
